Rize Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, Lisansüstü Eğitimini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek üzere 17 Mart 2006 tarihli ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren yeni üniversite kurulmasına ilişkin 5467 No’lu Kanun’un ek madde 61 d fıkrasıyla kurulmuştur.
Rize Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu; Enstitü Müdürü, Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulunca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Ana Bilim Dalları Başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile Fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri Enstitü bakımından yerine getirmektedir. 
Daha önce KTÜ Sosyal Bilimler Enstitüsüne bağlı olarak yürütülmekte olan Temel İslam Bilimleri Anabilim Dalı  alanında 7, Felsefe ve Din Bilimleri Anabilim Dalı alanında 8, İslam Tarihi ve Sanatları Anabilim Dalı alanında 1 öğrenciyle Yüksek Lisans programlarını, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 19.07.2007 tarihli ve 2646 sayılı yazısıyla Rize Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsüne devredilmiştir.
Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 22/07/2008 Yükseköğretim Genel Kurul toplantısında, Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği’nin 4 ve 7. maddesi uyarınca Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı ve İlköğretim  (Sınıf Öğretmenliği) Ana Bilim Dalı Yüksek Lisans programlarının açılması ve 15/09/2008 tarihli Yükseköğretim Genel kurul toplantısında Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği’nin 4 ve 7. maddesi uyarınca Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalında Hadis ve Tefsir Doktora Programı açılması uygun görülmüştür.
Rize Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2007–2008 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Yarıyılından itibaren;
1-Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı,
2-Felsefe ve Din Bilimleri Ana Bilim Dalı,
3-İslam Tarihi ve Sanatları Ana Bilim Dalı Programlarında lisansüstü eğitimine, devraldığı öğrencilerle başlamış,
2008-2009 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren yukarıdaki programların yanında,
4. Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
5- İlköğretim (Sınıf Öğretmenliği) Ana Bilim Dalı
6. Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı Hadis ve Tefsir Doktora Programları yeni kayıt yaptıran öğrencilerle eğitimine devam etmektedir.